自元代起，蒙古人開始進入西北藏區。13世紀中葉，隨著“西域親軍”的東來，保安族人原來居住的青海同仁地區，始成為人們過往的交通要道。明萬歷年間(1573—1620年)，在同仁原隆務鎮附近設置“保安站”，修建保安城。并設守備駐防，置都指揮管理同仁的十二族。

　　明末清初，保安地區已形成為一個多民族大雜居、各個民族小聚居的“四寨子”，即尕撒爾、年都乎、吳屯和保安。保安族人主要聚居在隆務河畔的保安城、下莊和尕撒爾，時稱“保安三莊”，隸河州衛。當時的保安族社會有所發展，人口增加。

　　雍正七年(1729年)，因土千戶王喇夫抗清，川陜總督岳鐘琪調河州副將鎮壓，保安堡番兵被遣散，改設把總，屬西寧鎮統轄。乾隆二十七年(1762年)隸屬循化營，由蘭州府統轄。

　　咸豐、同治初年，由于保安城內清朝地方官員在保安與土、藏、漢等民族之間，利用水利灌溉的爭搶，從中挑撥離間，加之當地隆務寺主及封建主的欺壓，保安族被迫舉族東遷。先是遷至青海循化居住三載，后又東遷到今甘肅積石山下大河家、劉集一帶定居下來。尕撒爾人居大墩，保安城的妥加人居梅坡，下莊的保安人居甘河灘，尕馬家的保安人最后定居高李村。他們遷到該地后，仍繼續沿用原住地名稱，稱大墩、梅坡、甘河灘為“保安三莊”。從清末至民國，保安族地區處在地方軍閥馬安良、馬步芳等的統治之下。1930年時行保甲制，該地區被劃為兩保，每保十甲。��

　　新中國成立后，保安族發生了深刻變化。1981年，與東鄉族、撒拉族在臨夏回族自治州境內小積石山東麓成立積石保安族東鄉族撒拉族自治縣。��