東鄉族信仰伊斯蘭教。伊斯蘭教不僅在東鄉族的形成過程中起過重要的作用，而且對東鄉族的歷史發展、風俗習慣和文化生活，都具有很大的影響。

　　約在元末明初時，由哈木則率領的第一批40名傳教士到達東鄉地區。后來人們尊稱他們為40個“舍亥古杜布”（即智者、哲人、賢人）。據說，哈木則精通阿拉伯文，持兩種文字的經卷，足跡遍及東鄉各地。哈木則選擇了一個林密草茂的山梁定居，今稱“哈木則嶺”，并用本山的木材，在那里修建了第一座清真寺，稱大禮拜寺。其余的一些傳教士，在去河州路上的一個村莊里相聚后又分散到其他各地。此后，第二批傳教士來到東鄉地區，由阿倆塔率領，共8人，后人尊稱八大“賽義德”（阿拉伯文音譯，意為“主人”、“先生”、“首領”）。阿倆塔落居在高山鄉布隆谷。這40名“舍亥古杜布”和8名“賽義德”除遠走他鄉傳教外，有14人落居東鄉，至今墳墓尚在，并留有后裔。約在明末清初，穆豪引吉尼來到東鄉地區，曾落居在北嶺鄉大灣頭地方。這些傳教士的到來和禮拜寺的相繼建立，為伊斯蘭教在東鄉地區的傳播起了重要的作用。自清中葉以來，東鄉地區也是西北伊斯蘭教內部產生教派與門宦的主要地方之一。

　　在東鄉族中，伊斯蘭教通常分為三大派系，即老教、新教、新興教(又稱色勒夫，俗稱三抬)。老教分為四大派系，即哲赫林也、虎菲也、庫不穩也，嘎底林也。各大派系又分出若干小支系。西北地區習慣上把伊斯蘭教的這種老教派派系稱作“門宦”，“門宦”屬于伊斯蘭教中的神秘派，在國外稱為“蘇菲”(阿拉伯語)，在我國新疆稱為“依裨”(波斯語)，在甘肅、寧夏、青海一帶亦稱為“門宦”。東鄉族信奉老教(門宦)的人數最多。共有九個門宦。即胡門、白莊、華寺、大拱北、張門、穆尖提、沙溝、海門、風門等。新教(又稱伊赫瓦尼)信徒分布也較廣。新興教(又稱色勒夫，俗稱三抬)是解放初期產生的，信徒較少。

　　各門宦都有自己的教主，又被稱為“老人家”，教主的地位由創始人的嫡系世襲，有的門宦也有不世襲的，傳給賢徒或教徒們舉賢。

　　老教和新教各有自己的清真寺，教民只參加本教派清真寺的活動。新教(伊赫瓦尼)的教民一般都與本教派的教徒結婚。

　　老教有門宦，有拱北，有教主，新教沒有門宦，沒有拱北，也沒有教主。老教的主麻日(禮拜五聚禮日)在任何清真寺都可以做，新教則認為非在中心地區的大寺不可。

　　老教阿訇在教民中進行宗教活動時，先念《古蘭經》，爾后吃飯，也可以接受“哈吉牙”(教徒施舍的財錢)。新教阿訇念了經就不能吃飯，吃了飯就不能念經，并且不能接受“哈吉牙”。

　　新教對天課五拾勒，非提勒，則卡提(宗教規定的稅捐)看得很重，老教注重念經、“哈吉牙”。新興教(色勒夫，俗稱三抬)，禮拜時要抬手三次(老教、新教只抬一次)，教徒留長發，而老教和新教均不留長發。