1990年，大眾日報社在全國新聞單位中率先實行自收自支、自負盈虧。1994年以齊魯晚報為試點，進行人事分配制度改革。1996年，在全社進行了人事、分配、運行機制綜合改革。
　　組建集團后，2001年開始推行宣傳、經營“兩分開”體制改革，將經營性資產和經營業務從各報剝離，在集團層面成立廣告、發行、印刷等專業化公司。2003年6月,大眾報業集團被中央確定為全國首批文化體制改革試點單位后，進一步推進“兩分開”體制機制創新，并被國家新聞出版總署授予“報業創新獎”。
　　宣傳和經營在業務、機構、人員層面實現“兩分開”后，兩方面資源的深度整合和運作，成為一項重要課題。2005年以來，針對報業發展的新形勢和“兩分開”運行中出現的問題，集團堅持深化改革，通過集團化的深度整合和科學運作，邁出產業化發展的實質步伐，推進了集團的科學發展、和諧發展。
　　——深化改革，進一步理順經營管理體制。2005年，集團重新調整了社委會，將其與集團公司經理層統一起來，使社委會既成為董事會對集團公司經營方針的執行者，又遵循《公司法》對子公司實施管理和控制。加強對公司的管理，清理整頓了與主業較遠或無關的公司，收縮產業鏈，理順了資產管理和運營體制。健全了集團監事會，完善了相關制度，充實了專職監事，并向二級公司委派了監事會主席和監事，加強了直屬公司監事會建設。紀檢監察工作按照教育、制度、監督并重的要求，出臺了《關于進一步搞好集團黨風廉政建設的意見》，舉辦了公司負責人廉潔從業培訓班。黨委積極支持紀委履行職責，支持監事會、統計審計處等具有監督職能的部門（單位）協調一致，充分發揮作用。這些措施，提高了集團的控制能力和風險防范能力。
　　——轉變增長方式，向管理要活力、要效益。一是加強了制度建設，出臺并落實了《全面預算管理辦法》、《合同管理辦法》、《采購管理辦法》、《紙張管理規定》、《資金集中管理辦法》、《投資管理辦法》、《固定資產管理辦法》等重要規章制度，推進了經營管理規范化，為健康、快速、可持續發展奠定了基礎。二是轉變經濟增長方式，降低生產成本。通過實行新聞紙公開招標采購，加強紙張調撥、驗收、結算等環節的管理,以及對印刷環節實施成本控制，節約了大量資金。加強資金管理調度，調整貸款結構，減少財務費用。這些措施，有效控制了成本，提高了整體效益。
　　——不斷推進資源整合開發。整合印刷資源，在對各地印點統一降低印費的基礎上，擴大對大宗印刷材料的統一招標采購范圍，印刷成本大幅降低。整合齊魯晚報與大眾網的信息無線增值業務，促進報網結合，探索跨媒體經營的路子。整合土地資源，對集團現有可利用土地、新印刷廠閑置土地、山東文化產業學院用地等綜合規劃，開發工作陸續展開。整合品牌資源，通過舉辦會展和其他各種活動，擴大大眾報業集團、齊魯晚報、半島都市報等品牌影響力，拉長了產業鏈。
　　——不斷完善財務管理體制。實行財務總監、主管會計委派和定期輪換制度，對主要經營單位和公司財務人員實行統一委派、統一管理，實現集團財務統一。加強集團內部資金管理和運作，降低集團的整體融資成本。完成集團財務管理系統硬軟件的升級改造和聯網，嚴格控制二級單位的對外投融資行為，對各二級單位銀行賬戶實行集中管理，強化集團對各二級單位的財務監控和管理調度。
　　——不斷推進目標責任體系建設。在決策目標、執行責任和監督考核三個體系的建設中，結合每年的重點工作，強化宣傳導向責任制、國有資產保值增值責任制和重大工作項目落實責任制，層層分解目標任務，層層簽定責任狀，并制定操作性強的配套獎懲措施。通過責任體系建設，各媒體各部門的執行力不斷增強，保證了集團決策目標落到實處。