抗日戰爭進入戰略相持階段后，日軍陸續侵占清河區、冀魯邊區境內各縣城及較大村鎮，開始頻繁“掃蕩”、“清剿”和“蠶食”，推行所謂“治安強化”運動。國民黨頑固派也采取消極抗日、積極反共的政策，不斷制造武裝磨擦。清河區、冀魯邊區抗戰形勢日益惡化。
1939年初，清河八路軍部隊戰斗在膠濟鐵路以北、小清河以南的東西狹長地帶，處在敵偽頑的夾擊之中。7月，三支隊司令員馬耀南在戰斗中犧牲，使這一地區的抗戰形勢更加嚴峻。對此，八路軍第一縱隊司令員徐向前等就清河區抗日游擊戰爭的發展給予了重要指示。至1940年9月，三支隊改編為八路軍山東縱隊第三旅，開辟了橫跨小清河南北的清河平原抗日根據地。繼之又于1941年10月，在黃河入�？趦砂秳摻藟▍^抗日根據地，基本上跳出了膠濟鐵路兩側的狹小圈子。
1942年始，日偽對清河根據地進行了大規�！皰呤帯�、“清剿”。至1943年斗爭更加殘酷，日偽組織了4次萬人以上、10余次千人以上的大掃蕩，根據地遭到毀滅性破壞。清河區黨政軍民加強團結，咬緊牙關，在大平原上大挖“抗日溝”，改造平原地形，利用青紗帳，開展小部隊活動，并在1942年、1943年兩次組織夏季反“蠶食”、反“清剿”戰役，采取“翻邊戰術”，內外線配合作戰，取得重大勝利，鞏固了抗日根據地。
在冀魯邊區，面對國民黨頑固派的反共陰謀和日軍的回師“掃蕩”，八路軍“挺縱”先后組織了韓集伏擊戰、三打燈明寺、激戰大宗家等戰斗，殲滅了大量日偽軍，鞏固了津南根據地，發展了魯北根據地。自1939年底始，“挺縱”主力奉命挺進魯西、魯南及魯西北，邊區抗日力量銳減。在此艱苦條件下，邊區黨政軍民堅持反“掃蕩”、反“蠶食”、反磨擦斗爭。1941年2月，邊區抗日武裝改編為八路軍115師教導第六旅，統一了黨和軍隊的領導。1942年6月，日偽對冀魯邊區進行了規模空前的大“掃蕩”，邊區抗戰進入最殘酷、最困難的時期。根據劉少奇對冀魯邊區關于堅持抗戰、渡過難關和斗爭形式要適應形勢變化的重要指示，邊區軍民堅持分散性、群眾性的游擊戰爭，采取化整為零、分散隱蔽、敵進我進、靈活多樣的斗爭策略，廣泛運用地道戰、地雷戰、伏擊戰、破襲戰、村落戰、麻雀戰等戰法，粉碎了敵人的分割封鎖，逐步收復被“蠶食”地區，分區及各縣區間逐漸連成一片，終于度過了最嚴峻、最困難階段。
早在1939年，清河區、冀魯邊區就根據山東分局和八路軍115師的指示，多次派出部隊，積極向對方方向發展，以打通兩區聯系，相互支援、相互策應。期間，冀魯邊區連續五次組織了打通聯系的軍事行動，經過浴血奮戰，兩區部隊終于在1941年9月于沾化縣東部的老鴰嘴一帶勝利會師，兩區聯系打通，揭開了兩區抗日斗爭的歷史新篇章。
在抗日戰爭即將轉入戰略反攻之際，為更好統一和協調清河、冀魯邊兩個戰略區的黨政軍工作，1944年初，中共清河區與冀魯邊區奉命合并,建立了中共渤海區黨委、八路軍渤海軍區。景曉村任黨委書記，楊國夫任軍區司令員，劉其人任行署主任。全區東臨渤海、西枕津浦鐵路，北至天津、南跨膠濟鐵路，成為黨領導的山東重要的敵后抗日根據地。
