從1942年3月至1944年7月為第二階段。1942年3月，魯南區黨委為貫徹中央及山東分局關于開展敵占區城市工作的指示精神，決定在組織部內設點線工作科（1942年秋改為城工科）。至此，魯南區城市工作有了統一的領導機構。區黨委總結了抗戰以來城市工作的經驗教訓，糾正了過去那種不講究策略，過分暴露自己的錯誤做法，結合實際提出了改進工作的措施。在恢復和整頓原有地下黨組織的基礎上，充分完善了組織機構，使這一工作有步驟、有計劃地開展起來。在這個階段，城市地下工作主要開展了建立兩網（臨城、運河工作網）兩點（棗莊、嶧縣城工作點）一線（地下交通線）的工作。

　　1944年7月至1945年9月為第三階段。在這個階段的工作中，魯南區黨成立了城市工作部，王少庸任部長。10月，魯南區黨委在大邵莊召開城市工作會議，成立了第二鐵路工委、第三鐵路工委和徐州工委，提出了加強城市工作的意見和措施。隨后，魯南區黨委派出大批武裝工作隊，開展城市近效的游擊戰，擴大解放區，縮緊根據地對敵占城市的包圍。在城市近郊和交通要道建立隱蔽的游擊根據地。為配合武裝斗爭，城工部除了從根據地選派干部打入城市外，還從淪陷區秘密動員和選拔城市工人、學生和市民中的積極分子，到根據地學習一段時間，再派回原地。這些人熟悉周圍環境，有職業掩護，對敵占區的人際關系熟悉，有利于工作開展。

　　1945年8月22日，中央軍委發出“關于改變戰略方針奪取小城市及廣大鄉村”的指示。魯南區城市地下工作人員積極配合主力部隊，相繼解放了嶧縣、滕縣、臺兒莊、官橋等城鎮，掃除了棗莊外圍障礙，擴大了魯南解放區。抗日戰爭勝利后，使黨的城市工作進入了一個新階段。