裕固族人在長期的生產、生活實踐中，積累了一定的醫藥衛生知識。可以對一些簡單的內科和外科疾病進行治療，使用的藥物主要是動物、植物藥和礦物性藥物。
　　他們用熱敷法治療因受潮濕風寒的腰腿痛和因受風寒引起的胃痛、肚子痛。對風濕腰腿痛病人，采用包皮熱敷法，即把火炕燒熱，讓病人脫掉內衣，睡在熱炕上，然后在羊群中挑選一只綿羯羊，用最快的速度宰殺，將羊的心臟肝肺趁熱放在病人腰背上，再將熱羊皮剝下來把病人的腰背或腿包裹嚴實，再割下一塊羊肉切碎熬成肉湯，湯內放生姜、花椒，讓病人趁熱喝下。然后再讓病人臥床休息一兩天，病痛即可大大減輕或根治。
　　用熱敷法治療風寒引起的胃痛和肚子痛，也是讓病人脫了內衣，睡在熱炕上，用最快的速度殺一只羊，把羊肚子和百葉連同肚糞一齊取出，再把燒紅的五色卵石放入羊肚子內，讓病人抱在懷里，趁熱捂在疼痛的部位，熬好羊肉湯讓病人喝下，使其發汗。如果五色石頭冷卻可再燒再敷，等病人把汗發透，驅逐風寒后病人即可痊愈。
　　裕固族人用羊毛或頭發燒成炭灰，涂撒在刀傷或碰傷的傷口處可止血；他們還知道用麝香治療牙痛；用大黃熬水喝治療眼睛赤紅、上火等。