在17世紀之前的漫長歷史時期里，原始宗教主宰著高山族部落社會，人們并不知道基督、天主為何物，虔誠地崇拜祖先亡靈以及周圍世界的蕓蕓眾神。然而，從17世紀20年代，緊跟著荷蘭殖民主義的炮艦，西方宗教勢力也隨之而侵入臺灣。先是荷蘭傳入耶穌教于南部，而后西班牙傳入天主教于北部。為了在精神上解除臺灣人民的思想武裝，徹底奴役臺灣人民，荷蘭殖民者派遣大批訓練有素的傳教士到新港、目加琉灣、肖瓏、麻豆、大目降、大杰顛以及南部的放索、瑯嶠等地傳教，許多高山族居民受洗禮入教。據1638年教會的視察報告，新港社人口1047人，幾乎全部入教，其他各社大約也有十分之一的人入教。��

　　鄭成功收復臺灣，驅逐荷蘭殖民者之后，西方宗教一度銷聲匿跡。但是，1858年中英《天津條約》和1860年中法《北京條約》簽訂之后，基督教與天主教憑借不平等條約的庇護，死灰復燃，又變本加厲侵入臺灣。傳教勢力也由南部、北部沿海滲透到內地，印發《圣經》，設立教堂，同時建立教會學校。臺灣“光復”之后，西方宗教蜂涌而入，各種傳教士深入山地，到處傳教，廣設教堂、醫院、散發衣物、救濟品，從高山族中物色“牧師”用本民族語言傳經布道，頗有迷惑性，入教禮拜者一時蔚然成風。僅南澳村，就有長老教會、安息日會、真耶蘇教會、萬國圣經會等4所基督地和一所天主教堂。各個教會籠絡人心，相互競爭吸收成員，全村158戶泰雅人中，加入長老會的有68戶，占總戶數的43%，不入教的僅5戶，西方宗教的影響由此可見一斑。由于西方宗教思想的傳入和日益滲透，固有的傳統文化習俗受到沖擊，逐次削弱、變異以致崩潰，不少人放棄原來的宗教信仰，而皈依西方宗教。